系統方面，上搭載的當然是全新的iOS 9。最為重要的是iOS 9對3D Touch進行了適配，讓觸摸體驗不僅限於UI平面。

　　而iPhone6 Plus搭載iOS 8系統。雖然的界面風格上與iOS7區別不大，但iOS8系統更加開放與人性化。在鎖屏狀態下送短消息時，支持在鎖屏狀態下直接回復短信。另外在多任務欄，也可直接顯示最近的聯系人名片，並支持自定義編輯。可以直接給他們發郵件、打電話等，大大增強了iOS的效率。

　　攝像頭作為iPhone6s硬件升級的一個重點，與前幾代祖傳的800萬像素攝像頭不同的是，iPhone6s搭載了一枚1200萬像素攝像頭，有力提高了相機的解析力，而像素經過重新構建，像素點之間的干擾信號更少(像是三星的ISOCELL技術)，更高效地利用光，讓畫面的噪點更低，色彩更通透。

　　而iPhone6 Plus采用了一顆800萬像素的攝像頭，每個像素大小1.5微米，最大光圈f/2.2，並采用全新傳感器，保留了雙色溫閃光燈之外還內置了全新的對焦技術。iPhone6 Plus加入了光學防抖功能，使防抖能力以及弱光拍攝表現得到很大提升。

　　屏幕方面，iPhone6s搭載的是4.7寸屏幕，雖然iPhone6s與iPhone 6的屏幕在尺寸，分辨率以及材質方面改變不大，但關鍵是iPhone6s搭載了一塊與Apple Watch相似的按壓式觸摸屏，從平面的觸摸上升到了三維層次，但與Apple Watch不同的是iPhone6s的3D Touch壓力觸屏功能相對於在Apple Watch上的應用會更加廣范和強悍。而iPhone6 Plus采用5.5英寸LCD屏幕，內置了1920×1080的分辨率，ppi高達400。

　　配置方面，iPhone6s搭載了一顆全新的蘋果A9處理器，采用14nm制程工藝(暫不確定)，采用3核心架構，主頻為1.85GHz，而GPU方面則為雙核架構。而iPhone6 Plus采用蘋果A8+M8運動協處理器，主頻為1.4GHz。配備1GBRAM+16GB ROM。