配置方面，iPhone 6s擁有一塊4.7英寸的屏幕，分辨率為:，搭載一顆全新的蘋果A9處理器，搭配2GB的運行內存(暫不確定)，擁有16/64/128GB三種容量規格。後置攝像頭為1200萬像素，前置為500萬像素，運行最新的iOS 9系統。最讓人振奮的是iPhone 6s搭載了與Apple Watch相似的壓力觸摸屏，官方稱為3D-Touch。