9月12日iPhone5發布同時iOS6將伴隨iPhone5內置系統同時發布。作為iOS5的更新iOS6將有200多個改動和調整。其中比較重要的更新iStore和蘋果地圖。已在iOS6Beta版中洩露出來。

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iStore整合了iTunes Store和App Store，新的用戶界面用標簽將iTunes Store和App Store進行區分，不過這個功能對於中國用戶來說應該沒什麼用，中國區用戶依舊不能在iTunes Store中購買音樂。蘋果地圖將替代以往iOS系統中谷歌地圖的地位，作為iPhone5原生自帶地圖.